Opłaty w branży transportowej w Polsce to co najmniej 11 różnych podatków: VAT, ZUS, PFRON, winiety za korzystanie z dróg, akcyza w paliwie, opłaty za korzystanie z autostrad, podatek ekologiczny, podatek drogowy odprowadzany do gminy, podatek od środków transportu, podatek od nieruchomości (jeżeli firma ich nie posiada, podatku oczywiście nie płaci) i opłaty skarbowe. Większość z wyżej wymienionych opłat regulują wyłącznie przepisy krajowe, przepisy europejskie regulują m.in. VAT (VI dyrektywa podatkowa wyznacza stawkę podstawową i obniżoną, ale wysokości stawek ustalają już państwa) oraz podatek od środków transportu (dyrektywa o opłatach za użytkowanie infrastruktury).

W związku z wejściem Polski do UE od 1 maja zmieniło się nazewnictwo i stawki podatku VAT w transporcie. Obecnie obowiązujące w Polsce stawki podatku VAT w transporcie wynoszą:
- 0% w transporcie międzynarodowym (oprócz pasażerskiego)
- 7% w krajowym transporcie osób
- 22% w transporcie towarów (krajowym i wewnątrzwspólnotowym).

W przypadku wykonywania usług wewnątrzwspólnotowego transportu towarów, kiedy zleceniodawcą jest podmiot z kraju UE (dotyczy transportu pomiędzy krajami UE - cross-trade), polski podatnik (firma transportowa) może wystąpić do właściwego urzędu skarbowego o specjalny numer NIP uprawniający do posługiwania się nim w przypadku wykonywania zleceń na rzecz kontrahentów z UE. Struktura takiego NIP-u wygląda następująco: PL + dotychczasowy NIP (w przypadku dokonywania usługi transportu towarów z Polski do Hiszpanii, gdy zleceniodawcą jest polski podmiot, nie ma potrzeby posługiwania się specjalnym numerem NIP). NIP-UE muszą natomiast posiadać firmy nabywające wewnątrzwspólnotową usługę transportu towarów, gdyż umożliwia to rozliczenie podatku VAT w Polsce.

Przy sprowadzaniu samochodu dostawczego, ciężarowego, autobusu zza granicy (dotyczy krajów spoza Unii Europejskiej) stawki podatku są następujące: cło 0% (z krajów z preferencjami celnymi) lub 35% (z krajów bez preferencji celnych). Dodatkowo należy uiścić na granicy podatek VAT w wysokości 22% (VAT oblicza się od wartości pojazdu po doliczeniu cła.
Preferencje celne (z tych krajów obowiązuje 0% cła):
- Kraje EFTA (Islandia, Liechtenstein, Norwegia, Szwajcaria),
- Kraje CEFTA oraz niezrzeszone (Rumunia, Bułgaria).
- Inne (Wyspy Owcze, Turcja).

Natomiast w przypadku sprowadzenia samochodu dostawczego, ciężarowego, czy autobusu z krajów Unii Europejskiej nie ma barier celnych (wspólny rynek), a podatek VAT w wysokości 22% podlega wpłacie do właściwego urzędu skarbowego, a następnie jest rozliczany w deklaracji VAT (w związku z czym dla podatników podatku od towarów i usług jest on neutralny).

Preferencje celne nie dotyczą pojazdów wyprodukowanych w jednym z wyżej wymienionych krajów, ale zakupionych poza nimi, np.: w USA. Aby skorzystać z preferencji, konieczne jest umieszczenie na fakturze lub umowie kupna - sprzedaży specjalnego oświadczenia sprzedawcy lub gdy wartość towaru wynosi 6000 euro, potrzebne jest dołączenie świadectwa tzw. EUR.1, opatrzonego pieczęciami Urzędu Celnego kraju zakupu.