Wśród wszystkich zasad systemu, ta dotycząca dokumentacji, budzi najwięcej oporów. Obowiązująca dokumentacja to zbiór zapisów, w których przedstawiono uzyskane wyniki lub dowody przeprowadzonych działań. System HACCP wymaga dokumentowania wszelkich działań związanych z CCP w myśl zasady: "CO NIE ZOSTAŁO ZAPISANE, NIE ZOSTAŁO WYKONANE". Dokumentacja HACCP służy do udowodnienia kontrahentom lub instytucjom nadzoru nad żywnością, że została zastosowana "należyta staranność" w produkcji i firma gwarantuje bezpieczeństwo wyrobów.

Ze względu na swój obszerny charakter dokumentacja HACCP powinna charakteryzować się przejrzystością struktury, jasnymi powiązaniami pomiędzy dokumentami, zrozumiałą treścią.

Zbiorem wszystkich dokumentów HACCP jest Księga Jakości - Manual:

Księga Jakości (Manual) - stanowi pewną konstytucję firmy i powinna zawierać deklarację co do działań podejmowanych w zakresie zapewnienia zadowolenia Klientów. Realizacja działań zapisanych w Księdze Jakości odbywa się za pomocą poszczególnych procedur postępowania, które z kolei realizowane są na poszczególnych stanowiskach na podstawie instrukcji stanowiskowych.
Procedury postępowania opisują sposób działania grup pracowników działu lub kilku działów. Realizacja działań udokumentowanych w procedurach odbywa się za pomocą instrukcji stanowiskowych, które opisują postępowanie danego pracownika na danym stanowisku. Jedna procedura zawiera najczęściej kilka instrukcji.
Zarówno do procedur postępowania, jak i do instrukcji stanowiskowych przypisane są karty kontroli pozwalające na prowadzenie regularnych zapisów dla udokumentowania działań wymagających kontroli.
Kolejnym dokumentem przypisanym do procedur i instrukcji są załączniki będące uzupełnieniem treści danego dokumentu.

W celu zachowania wymaganej przez system struktury dokumentacji można zastosować następującą numerację:

1. Procedury postępowania - oznaczone są za pomocą skrótu działu, do którego należą oraz numeru porządkowego ( np. DS 1)
Poszczególne dokumenty można podzielić na następujące grupy procedur:
Procedury systemowe SYS
Procedury działu jakości DJ
Procedury działu sprzedaży DS
Procedury działu gospodarczego DG

2. Instrukcje stanowiskowe - przyporządkowane są procedurze, której realizację opisują. Oznaczamy je numerem danej procedury i numerem porządkowym opisanym po kropce (np. DS 1.1)

3. Karty kontroli - opisujemy numerem dokumentu, w którym opisano ich użycie z dopiskiem Kart i numerem porządkowym karty (np. DS 1.1 - Kart 1)

4. Załączniki - oznaczamy numerem pierwszego dokumentu, w którym opisano ich użycie z dopiskiem Zal i numerem porządkowym załącznika (np. DS 1.1 Zal 1). Jeżeli dany załącznik znajduje zastosowanie w innych dokumentach, zawsze będzie posiadał raz nadany numer.

Znakowanie żywności
W dziedzinach nie zharmonizowanych pierwszorzędnym instrumentem zarządzania, ryzykiem wewnętrznym pozostaje zasada wzajemnego uznawania, rozumiana w taki sposób, aby państwo członkowskie pozwalało na wolny obrót na jego terytorium towarami wyprodukowanymi lub wprowadzonymi na rynek w innym państwie członkowskim, które zapewnia równoważny poziom ochrony poprzez własne przepisy, badania lub standardy. Warunkiem koniecznym jest podanie konsumentom w kraju, do którego docelowo trafiają produkty, wszelkich niezbędnych informacji pozwalających na odróżnienie produktów i wybranie spośród nich zgodnego z indywidualnymi preferencjami.
Ustawodawstwo żywnościowe stanowi jeden z głównych elementów polityki w zakresie żywności i żywienia. Mając na względzie zasadę bezpieczeństwa konsumenta wprowadzono prawo konsumenta do uzyskania pełnej informacji o produktach spożywczych . Wszystkie informacje, które powinny być podane do wiadomości dla ochrony jego zdrowia oraz umożliwienia swobodnego wyboru środka spożywczego powinny znajdować się na opakowaniu lub etykiecie. Podanie informacji istotnych z punktu widzenia ochrony konsumenta ma również istotne znaczenie dla "uczciwości" obrotu i konkurencji rynkowej.
W Unii Europejskiej w ujęciu horyzontalnym obowiązują następujące przepisy regulujące zasady znakowania żywności:

Natomiast ogólne wytyczne określające zasady, jakimi powinno odpowiadać podawanie informacji na opakowaniu produktów spożywczych zostały określone w Rezolucji Rady z 5.04.93r. art.1(OJ93/C 110/01).
Zgodnie z tymi wytycznymi znakowanie powinno być:

Podstawowym wiodącym przepisem w zakresie znakowania jest Dyrektywa Rady 79/112/EWG w sprawie etykietowania żywności i prezentacji produktów spożywczych. Przepisy zawarte w tej Dyrektywie były wielokrotnie zmieniane i uzupełniane. Dlatego też obecnie skonsolidowany tekst został zawarty w Dyrektywie 2000/13 z dnia 20 marca 2000r. w sprawie ujednolicania prawa krajów członkowskich dotyczących znakowania, prezentacji i reklamowania produktów spożywczych (zmieniona Dyrektywami 20001/13 oraz 2002/67). Celem tych aktów prawnych jest dostarczenie konsumentowi niezbędnych informacji na temat składu produktu, jego producenta oraz metod przechowywania oraz przygotowywania w zakresie koniecznym dla zapewnienia bezpieczeństwa konsumenta oraz uczciwej konkurencji. Producenci oraz wytwórcy mogą również swobodnie przedstawić, według własnego uznania, wszelkie inne informacje pod warunkiem, że są one dokładne i nie wprowadzają w błąd konsumenta. Wymagania Dyrektywy dotyczą produktów spożywczych w opakowaniach docelowo przeznaczonych dla tak zwanego odbiorcy końcowego(konsumenta) oraz dla gastronomii(restauracji, szpitali i innych punktów żywienia zbiorowego).
Dyrektywa podaje definicję etykietowania poprzez określenie słów, opisów, znaków handlowych, znaków graficznych produktów spożywczych (rysunki i symbole), umieszczonych bezpośrednio na opakowaniu, etykietach, obwolutach, kołnierzach, a nawet dokumentach towarzyszących lub odnoszących się do nich.
Znakowanie produktów spożywczych, w tym również użyte metody znakowania, nie mogą wprowadzać w błąd w szczególności w odniesieniu do:

Powyższe zastrzeżenia :

Wymagania Dyrektywy 2000/13 określają zakres informacji, które muszą zostać podane na etykiecie. Są to następujące informacje: nazwa, wykaz składników, termin przydatności, zawartość netto (objętość - dla płynów) lub liczba sztuk, warunki przechowywania, nazwa i adres producenta, szczegóły dotyczące miejsca pochodzenia, sposób użycia.
Oprócz wyżej wymienionych wymagań Dyrektywa zawiera również pewne "Zwolnienia" z wymogów znakowania dla opakowań, których największa z powierzchni przeznaczonych do znakowania nie przekracza 10cm² oraz dla szklanych butelek przeznaczonych do wielokrotnego użycia. Dyrektywa pozwala też na podawanie w miejsce szczegółowej nazwy składnika (który sam jest produktem spożywczym) nazwę charakterystyczną dla całej grupy produktów.
Wymagane jest, aby na etykiecie podana została wartość odżywcza produktu.