Właściwe prowadzenie dokumentacji ma na celu możliwość wykazania w każdej chwili, że zasady systemu HACCP zostały prawidłowo zastosowane na każdym etapie działań. Dokumentacja daje obraz prowadzonych działań i stanowi podstawę do oceny prawidłowości funkcjonowania systemu HACCP. Dokumentacja powinna mieć formę Księgi HACCP.

Podstawowym dokumentem HACCP jest plan przedstawiający poszczególne działania, jakie należy podjąć na wypadek stwierdzenia zagrożenia. Dodatkowo z każdym CCP powinna być związana odpowiednia karta kontroli dokumentująca poszczególne Punkty Krytyczne. Dodatkową dokumentację stanowią procedury wymagane prawem np. Procedura Dobrej Praktyki Produkcyjnej i Higienicznej.