Krytyczny Punkt Kontrolny to etap pozwalający skutecznie i ostatecznie usunąć lub ograniczyć zagrożenia do poziomu, który można uznać za bezpieczny. Wcześniej przygotowaną listę wszystkich zagrożeń poddajemy analizie za pomocą "drzewka decyzyjnego" (sekwencji logicznych pytań) umożliwiającegookreślenie zagrożeń, dla których trzeba ustalić Krytyczny Punkt Kontrolny. Na tym etapie planu poddajemy rozważaniom cały proces przepływu towaru (schemat technologiczny). W każdej fazie należy zastosować drzewko decyzyjne do wszystkich wcześniej zidentyfikowanych zagrożeń. Ten etap jest jednym z najważniejszych, bowiem istotą HACCP jest właściwe wyznaczenie CCP, które umożliwiają realizację celu systemu – kontroli nad bezpieczeństwem zdrowotnym żywności.