Najistotniejszym wymogiem funkcjonowania w UE zakładów przemysłu spożywczego, w tym zakładów piekarniczych i cukierniczych, jest wdrożenie przez nie tzw. systemu HACCP.
Skrót ten (pochodzący od pierwszych liter angielskiego pojęcia Hazard Analysis and Critical Control Point) oznacza: analiza zagrożeń i krytyczny punkt kontroli. System ten dotyczy procesów produkcji i przetwórstwa żywności (tj. całego sektora spożywczego, w tym zakładów piekarniczych i cukierniczych), a w państwach Unii Europejskiej jest stosowany od 1975 r. W 1993 r. wydano dyrektywę dotyczącą higieny środków spożywczych (dyrektywa nr 93/43/EWG, zmienioną Rozporządzeniem (WE) nr 852/2004 Parlamentu Europejskiego i Rady z dnia 29 kwietnia 2004 r. w sprawie higieny środków spożywczych), określającą zasady stosowania HACCP. Celem systemu HACCP jest eliminacja wszystkich zagrożeń zdrowotnych w procesie produkcji, które mogłyby wpłynąć na bezpieczeństwo wyrobu, a w konsekwencji przynieść szkodę konsumentowi. System skupia się na badaniu bezpieczeństwa procesu wytwarzania produktu (zamiast sprawdzania jakości produktu dopiero po jego wytworzeniu). Wyróżnia się trzy rodzaje zagrożeń: (1) mikrobiologiczne (np. bakterie), (2) fizyczne (np. piasek), (3) chemiczne (np. detergenty).
Obowiązki związane z wdrażaniem systemu HACCP ciążą na wszystkich podmiotach uczestniczących w wytwarzaniu żywności, tj. producentach, przetwórcach i dystrybutorach (także np. stołówkach, jadłodajniach, itp.). Wdrożenie systemu HACCP musi być poprzedzone wprowadzeniem w zakładzie produkcyjnym zasad tzw. dobrej praktyki produkcyjnej (Good Manufacturing Practice - GMP) oraz dobrej praktyki higienicznej (Good Hygiene Practice - GHP).

Podstawowe zasady systemu HACCP to:
1. Przeprowadzenie analizy potencjalnych zagrożeń dla higieny żywności na wszystkich etapach produkcji i dystrybucji produktu spożywczego.
2. Określenie krytycznych punktów kontroli.
Rozróżnia się krytyczne punkty kontrolne I stopnia (KPK 1, CCP 1) oznaczające etap, miejsce lub operację, w których zagrożenia dla jakości wytworów spożywczych w procesie produkcji mogą być wyeliminowane, oraz krytyczne punkty kontrolne II stopnia (KPK 2, CCP 2), określające stan, miejsce lub operację, w których zagrożenie można tylko zminimalizować do poziomu akceptowalnego z punktu widzenia bezpieczeństwa zdrowia konsumenta.
3. Ustalenie wartości krytycznych dla każdego krytycznego punktu kontrolnego.
4. Identyfikacja i wprowadzenie w życie skutecznych procedur kontroli i nadzoru w punktach krytycznych (opracowanie procedur monitorowania każdego z krytycznych punktów kontrolnych).
5. Przegląd i analiza punktów zagrożenia żywnościowego, krytycznych punktów kontroli i okresowej kontroli oraz nadzorowania procedur.
Zakłady produkcyjne nie muszą posiadać certyfikatu na system HACCP, ale muszą dysponować wiarygodnym dowodem na wdrożenie systemu.

Dyrektywa nr 93/43/EWG zawiera tylko ramowe przepisy, które muszą być uściślone w aktach prawnych poszczególnych państw członkowskich (oraz państw przystępujących do UE).