Od 1996 roku istnieje prawny obowiązek stosowania systemu HACCP przez zakłady produkujące żywność dietetyczną. Od 2000 roku - na podstawie Rozporządzenia Ministra Zdrowia z 28.02.2000 r. w sprawie warunków sanitarnych oraz zasad przestrzegania higieny przy produkcji i obrocie środkami spożywczymi, używkami i substancjami dodatkowymi dozwolonymi - wszystkie zakłady produkujące lub wprowadzające do obrotu żywność mają obowiązek stosowania zasad dobrej praktyki produkcyjnej i higienicznej. Właściwe regulacje związane z HACCP - zgodne z przepisami dyrektywy WE - zawarte są w ustawie o warunkach zdrowotnych żywności i żywienia (Dz. U. 2001 Nr 63, poz. 634 ze zm.).
- Początkowo ustawa przewidywała (art. 30), że w dużych i średnich zakładach (tj. zatrudniających ponad 50 pracowników) system HACCP musi być wdrażany od 1.01.2004 r. (nie było końcowej daty granicznej), natomiast nie ustanowiła takiego obowiązku dla zakładów małych. Te ostatnie zostały zobligowane jedynie do wdrożenia i stosowania zasady dobrej praktyki produkcyjnej i dobrej praktyki higienicznej.
Wyłączenie małych zakładów spod obowiązku stosowania HACCP nie było zgodne z przepisami prawa wspólnotowego, stąd wyniknęła konieczność zmiany ustawy o warunkach zdrowotnych żywności i żywienia w tym zakresie. Znowelizowany art. 30* tego aktu rozciąga obowiązek stosowania systemu HACCP na wszystkie zakłady produkujące żywność, bez względu na ich wielkość (obowiązek ten nie dotyczy jedynie producentów na etapie tzw. produkcji pierwotnej, którzy muszą jedynie wdrożyć zasady GMP i GHP).

Na podstawie ustawy o warunkach zdrowotnych żywności i żywienia minister zdrowia wydał rozporządzenie dotyczące szczegółowego zakresu, metod i sposobu przeprowadzania wewnętrznej kontroli jakości zdrowotnej żywności i przestrzegania zasad higieny w procesie produkcji (Dz.U. 2004 Nr 120, poz. 1259). Ponadto obecnie obowiązujący art. 30 ustawy wskazuje, że wdrażanie systemu HACCP w zakładach powinno odbywać się za pomocą wskazówek zawartych w poradnikach dobrej praktyki produkcyjnej (GMP), dobrej praktyki higienicznej (GHP) oraz wdrażania i stosowania zasad systemu HACCP. Poradniki takie opracowują dla poszczególnych branż przemysłu lub handlu środkami spożywczymi przedsiębiorcy produkujący lub wprowadzający żywność do obrotu lub związki zrzeszające tych przedsiębiorców przy udziale organizacji konsumenckich oraz w konsultacji z zainteresowanymi stronami działającymi w zakresie bezpieczeństwa żywności. Poradniki podlegają ocenie pod względem zgodności z wymaganiami higieny przez organy urzędowej kontroli żywności zgodnie z zakresem nadzoru z uwzględnieniem zasad stosowanych w tym zakresie w państwach członkowskich Unii Europejskiej. Poradniki powinny uwzględniać potrzeby i możliwości także tych przedsiębiorców, którzy prowadzą działalność na potrzeby rynków lokalnych (gmina, na terenie której znajduje się zakład, lub gminy sąsiadujące), produkują w oparciu o surowce i metody tradycyjne lub prowadzą działalność w regionach szczególnych ze względu na położenie geograficzne lub dostępność do zaopatrzenia.